朱由榔道：
“台湾知府，朕属意沈佺期。此人在福建为官多年，熟悉海疆事务，为人廉直。台湾总兵官，朕拟以周全斌升任。”
周全斌一愣，随即跪下：
“陛下，末将……”
朱由榔摆摆手，示意他起来：
“你在台湾打过硬仗，熟悉岛上情形。台湾水师二百条战船，一万二千兵，交给你，朕放心。”
周全斌声音哽咽：
“末将……必不负陛下重托！”
朱由榔又看向张煌言：
“张卿，你是东南督师，台湾隶属福建，日后要多操心。官员考核、驻军轮换、移民安置，你都要盯着。”
张煌言起身抱拳：
“臣遵旨。”
朱由榔最后道：
“台湾水师留二百条战船，其余战船随朱成功调回厦门。台湾陆师三营，一兵一卒不许动，全数留下，归周全斌统辖。”
他走回案前，提起笔：
“传朕旨意。”
众臣齐齐起身。
“第一，设台湾府，辖三县，隶属福建省。以承天府为府治。擢沈佺期为台湾知府，即日赴任。”
“第二，设台湾总兵官一员，挂靖海将军印，统辖全岛水陆兵马。擢周全斌为台湾总兵官，加都督佥事衔。”
“第三，台湾水师额定战船二百艘，兵一万二千人，由周全斌统辖。其余战船及朱成功所部，调回厦门，整军备战。”
“第四，台湾陆师额定三营，共一万人。火器营用荷兰人的火炮、燧发枪，屯田营在台南、嘉义屯田，土番营招募原住民勇士。三营皆归周全斌节制。”
“第五，荷兰‘王田’一律废除。田土分等造册，官田归官府，民田分给百姓，军屯由驻军耕种。三年之内，全岛免税。”
“第六，迁福建、广东之民充实台湾。每户授田三十亩，发给路费、耕牛、种子，免税五年。各府县设移民局，专办此事。官府负责运送，不得逼迫，不得克扣。”
朱由榔顿了顿，又补充道：
“再加一条——台湾汉化之事，不能操之过急，也不能放任不管。”
他看向众人，缓缓道：
“台湾岛上，有汉人，有番人。汉人是从福建、广东过去的，本来就是咱们的人。
番人世代居住于此，虽未习我衣冠，亦是我大明子民。
荷兰人占着台湾时，欺凌番人，强征其丁，强取其皮，番人苦之久矣。
如今朝廷来了，要让他们知道——大明不是红毛夷，不会欺负他们。”
瞿式耜点头道：
“陛下圣明。番人若能归心，台湾就稳了一半。”
朱由榔道：
“所以，汉化之事，要办，但不能硬办。朕的意思——先在府城设‘怀番馆’，专司番人事务。
番人子弟愿入学者，可入官学，供给食宿，教其汉话、汉字，习我衣冠礼仪。学成之后，可参加科举，可入军中为官。不愿入学者，不强求。”
“各地番社，定期派官员前去探望，送些盐、布、农具，问其疾苦。
番人头领愿来府城者，好生款待，赐予衣冠，授以官职。让他们知道，归顺朝廷，比被红毛夷欺负强。”
“汉番通婚，官府给予鼓励。汉人娶番女者，官府发给贺仪；番人嫁汉人者，同样如此。久而久之，汉番一家，自然归心。”
吕大器道：
“陛下此策，温润如水，缓缓浸透，比硬来高明多了。”